Hans mor bliver syg og dør i 1566,  og han bor i halvandet år hos hans mors slægtning Anders Jensen i Rold, indtil hans far sender ham på latinskole i Ålborg. Efter 4 år bliver han slotsskriver (elev) på Riberhus i Ribe. Her uddanner han sig samtidig og går på latinskole i 2½ og i skriverskole i 1½ år og bliver herefter i 1574 ansat som lensmanden på Riberhus’s, Erik Lykkes, egen skriverdreng. I 1575 bliver han skriver på Antvorskov kloster og senere på Sorø kloster hvor han er indtil 1577. 

Herefter arbejder han for slotsskriveren på det jyske gods Hald, Christian Jensen. Godsejeren er lensmand Niels Joens (Viffert).

Fra 1580 til 81 er han i Randers, hvor han arbejder og til dels laver hospitals regnskaber for borgmester og hospitalsforstander Peder Pedersen.

Men fra 1581 og til 1595/96 er han i tjeneste hos Mandrup Parsberg på Hagsholm. Først var han ridefogede på godset fra 1581 og 85, og derefter som skriver på Århusgård, hvor Parsberg var lensmand. I 4 år var hanslotsskriver fra 1589 på Skanderborg, og var desuden regnskabsskriver over stiftets og kirkernes rettigheder i Skanderborg og Bygholm len.

I 1592, hvor han gifte sig første gang, med adelsfrøkenen  Margarethe Christoffersdatter Udsen, bor han på Nygård i Dover. Han bliver gift  2. gang med denne grens stammoder, den 21 årige enke Maren (Maria) Pedersdatter (Pedersson Lasson, Lassen).  Datter af borgmester Peder Lassen.

Da han og Maren har giftet sig den 3 Okt. 1596 flytter de til Randers. Her ender han med at blive en uhyre rig købmand.Allerede et par år efter er han den højest beskattede borger i Randers. Niels Jacobsen bor fra 1598 og de næste 14 år i det hus der er det kendte Løveapotek i Torvegade 12  

 I 1599 ejer han hele området fra Kirkegade (hvor han opfører en stor, to etagers bindingsværksgård der senere efter 1860 bliver skole), V. Kirkestræde og til St. Voldstræde, vest for Sct. Mortens kirke.

Ifølge Skattebogen i 1625 (efter hans død), ejede Niels Jacobsen ikke mindre end 35 ejendomme i byen, hvor næsten alle, er blandt de betydeligste bygninger i Randers.

Som den rige og respekterede mand han er, aflægger han på Randers Rådhus sin rådmands-ed i 1604 og bliver fra 19 Oktober 1619 borgmester i Randers. Et hverv han bestred til hans død som 69 årig.

Han interesserer sig også for slægtsforskning og han skrev om hans slægt i en bog han fik foræreti 1609. Ud over hans slægtsbog, skriver han også en ”opbyggelsesbog”, der nu befinder sig på Museet i Randers . Her beskriver han bl.a. et besøg, af kongen, selveste Christian den 4